??每次看到家中昙花怒放，周耀旗会想到自个的科研日子：长时刻幽静，一霎那开放。这些年里，他找到了一种打理自个的方法，就是把自个的经历经历写进博客。他乐于将自个的故事与大众共享，如同他总会接收外界的声响。
当全世界都沉溺在进入新世纪的高兴时，37岁的周耀旗在家中挑灯夜战，他憋了一口气，要写出一份最佳的请求书，拿到他独立研讨时的第一笔经费。
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从2000年头步，每年的请求季，周耀旗就会堕入时刻揣摩请求书的状况。但直到第三年，他才拿到首笔经费。
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周耀旗的女儿曾在日记中写道，“有几回，父亲刚放下怀里的电脑，才夹了一筷子菜，俄然想起啥，冲向沙发，抓起电脑，乒乒乓乓一阵击打。”
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那是周耀旗的第一份教职，学校位于在纽约州第二大城市布法罗。
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彼时，那位刚从哈佛大学脱离的博士后，师从诺贝尔奖获得者martin karplus、直博就读于杨振宁所执教的纽约州立大学石溪分校、8十年代中美化学研讨生项目中的两百余人之一，在20世纪刚刚结束时，结束了他16年的肄业年月。
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在外界看来，那些阅历本应是周耀旗最大的光彩与敲门砖，但从他做独立研讨的那一刻，一切的光环似乎不见了。
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他困顿、焦虑、沮丧、又重振旗鼓，用新作用敌对失利。
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在那些绵长的探究中，有一条周耀旗一向坚持着的科研主线——蛋白质规划里的二面角的猜测。他自嘲，做的是科研中的“边角料”作业，却将那些不起眼的作业做到极致。
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正是有那些堆集，让他第一个把深度学习办法使用到蛋白质主链规划猜测中。早在谷歌大热的alphafold呈现之前，就与团队打开了神经网络回归猜测蛋白质真实二面角，揣度出蛋白质规划的猜测办法，是端对端的蛋白质规划猜测在神经网络外的完成。
在科研的另一面，周耀旗的阅历相同招引人。
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他离家张家港，学至中科大，东征纽约直博，西至加州创业，曲折重回纽约，博士后南下北卡，又北上哈佛，在布法罗、印地安纳、澳洲，度过了二十年的教育年月。
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从周耀旗身上，咱们能看到一个科研人如何连续学科中的最小分支，也能看到一自个的三十年，是如何创业折返、三换导师、四次换岗，以及许多次经费被拒的阅历。
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如今，在与祖国离别了36年后，周耀旗来到代表我国40年打开奇迹的城市，在深圳湾实验室里，初步新的故事。
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一次被“抓壮丁”的出国机缘
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“没主见、不主动、不爱说话，只需学习好一点。”这是周耀旗的父亲给他的评价。
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1963年，周恩来在上海科学技能作业会议上，偏重完成科学技能现代化时，周耀旗出世了。
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六十年代，周耀旗的家乡张家港依港而兴，变成那个年代最早对外翻开的窗口。那时的周耀旗不会想到，自个将从这个小港口 ，在大洋对岸初步36年的异国日子。
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周耀旗在国内读书时有两个重要阅历，一次是提前冲刺高考，一次是意外获得出国机缘。
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1979年，读高二的周耀旗作为结业生参加高考，尽管高一时冲击未果，但这一次，他顺畅考进了我国科学技能大学，并以化学高分的成果选择到近代化学系。
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至于为何学起了化学，周耀旗说道，79年的高考化学特别难，自个却是发扬不错，也就因为这个优势，填了中科大的近代化学系。
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后来，周耀旗才晓得，那一年，全国有468万学生走进考场，选择约28万，选择率缺乏6%，而他就是傍边走运的一份子。
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他有一本小本子，上面记载了许多灵光乍现的“民科”主意，比方人死后会不会投胎、太阳系、原子和夸克规划的联络，啥样的教师最受等待，其间一些小文章还登过中科大校刊。
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在同学看来，周耀旗特别喜爱想入非非，还有点专攻歪门邪道，好几门课徜徉在及格线，外号“爱因斯坦”。
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好在七、8十年代，学术气氛高涨，李政道、杨振宁、丁肇中等我国人接连获得诺贝尔物理学奖，周耀旗那些稀罕古怪的主意算不上离经叛道，还私自为他从事需要冥想的理论研讨打下了基础。
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在中科大的五年（五年制本科）里，周耀旗张狂读书，抵偿了少时无书可读的困顿。
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转眼到了1984年的夏天，大学日子就要结束时，周耀旗俄然有了一股苍茫感，他也像大大都结业生相同，对走向社会不知所措，他不止一次想，“自个还这么小，资历尚浅，能到社会上做些啥呢？”
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大大都同学考研，周耀旗也跟风，走运的是，他几乎没有备考，顺畅考上了本校的理论化学研讨生。
此时的周耀旗还没想到，就是这重
要的一步，改动了他终身的命运。
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上世纪8十年代，邓小平关于出国留学的指示促进了三大项目：cuspea（中美联合物理研讨生招生方案）、cusbea（中美联合生物研讨生招生方案）、以及cgp（chemistry graduate program）——中美化学研讨生项目。
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在那段持续了五年的cgp项目中（1982-1986），共用242名化学系学生奔赴美国和加拿大，变成国内翻开基础研讨的要害。
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1984年，周耀旗地址的中科大分到了6个出国统考名额。依照遴选标准，需要在有出国意向的应届我国化学系研讨生考生中共同考试，择优选择。
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但考试结束，有几个学生因为英语和政治没过及格线，以数分之差落榜出国统考。
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6个名额迟迟不满，中科大近代化学系的系主任俄然想到周耀旗——现已考上本校研讨生，尽管没有出国意向，去充个数也罢。
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出乎我们的意料，当年的cgp考试仅有3个中科大学生经过了两轮选择，而出国排名的最结束，就是周耀旗。
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对冷不丁窜出来的周耀旗，教师和同学都大为震动，称他是系里的一匹“黑马”。
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但在那时，周耀旗对出国没有啥概念，认为自个不过是赶巧被抓去“充了壮丁”。究竟他在中科大的成果中等，也从没得任何奖，不管如何也轮不到自个。
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关于出其不料的出国机缘，周耀旗振奋又发怵。从大学到大学，他去过最远的当地就是邻县的亲属家，大学已暇去了邻省，离家不过五百公里。而如今，要去往大洋对岸，还要选择一所美国学校，悉数都太陌生了。
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周耀旗理解记住，这是偶像杨振宁所执教的学校，1985年，正是杨振宁在石溪的第19个年头，在他的带领下，该校的理论物理研讨所多次获得世界大奖。
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此时的周耀旗，还仿如一张白纸，但他晓得，自个也即将与这所学校结下情缘。
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科研的“至暗时刻”、三自个的创业公司
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在历经两天的轮航中转后，周耀旗总算踏上了美国的土地。他审察着这个新世界，不曾想，他直博的起点，却是他科研生计中的“至暗时刻”。
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出国前，周耀旗就断定了心中的导师首选——石溪化学系主任jerry whitten，一位世界上负有盛名的量化核算理论研讨专家。此前，周耀旗的本科结业论文也是这一方向。
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但当周耀旗到了石溪，whitten的第一句话是，“你可以找任何一个教授做导师”。这让初到英文环境中的周耀旗误认为系主任对他不感快乐喜爱，只好从头找起了导师。
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1986年春，周耀旗抉择，去系里“唯二”做理论研讨的harold l. friedman教授那里毛遂自荐。
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他一门又一门地说出自个在石溪的成果时，friedman看着眼前这个功课全a的我国学生，一股好感俄然冒了出来，不到五分钟，就把周耀旗收进了自个组里。
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就这样，周耀旗“浑浑噩噩”地跟着friedman做起了液体计算力学理论——一门他在国内听都没听过的学科。
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在不合适的方向上，周耀旗的作用几乎为零。他曾在博客中写下，“导师给的几个标题，我做出来的成果老是和正本的想象相反，办法不只没有改进，还变得更糟糕，最终连导师都不晓得该给我啥标题了。”
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而friedman闪现出极大的耐性，他晓得这位学生只是一时没找对门道算了，常常鼓劲儿似地问周耀旗：“anything exciting?（有激悦耳心的成果了吗？）”。
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听到导师这样问，周耀旗心境愈加凌乱，“假定再做不出作用，岂不是坏了friedman的名声。”
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阅历一年的苦楚磨合，1987年，正本化工系的george stell教授转到了周耀旗地址的化学系做全职教授。为了协助周耀旗推进发展，friedman马上向stell主张，一同带带这位“不出活”的学生。
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stell的教育办法完全纷歧样，他不给学生具体的课题，而是拿出成堆自个认为有题可做的论文，让学生去分析。这给了周耀旗很大的“创造安适”，也如同解开了周耀旗零作用的死循环。
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不久后，周耀旗想到一个思路，假定把一个硬球的半径变成无量大，那么液体计算里的积分方程，就能跳出三维径向硬球体系，转而研讨出硬球在一个硬平面邻近的分布。
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顺着这个思路，周耀旗触类旁通。他把一个硬球体系持续变形，从常规球体变为球形孔穴、柱型孔穴、两个硬面、半透膜(球型，平面型，球内半透，球外半透)，直到把一切硬球体系都做了一遍。连续这个办法，周耀旗又将球体推广到离子体系，一口气宣告了6篇论文。
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在找到研讨的门道后，周耀旗闪现出了极高的研讨热心，论文也变得高产。
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他仿制此前的成功，在早年论文的基础上，将两个安适离子看作一个分子体系，得出了溶解安适能随离子间隔离的改变，然后揣度出电子转移反应的溶剂效应。在这个方向上，周耀旗又宣告了8篇论文。
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在博士的最终三年里，周耀旗一共在凝集态理论方面宣告了22篇论文。其间19篇是第一作者，还有多篇变成了液体计算理论上的创始性作业。
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结业前，周耀旗写下一首打油诗，他以此记载自个那五年中的混沌与觉悟。
“乘风驾云把西征，面壁五年为求真。凿壁偷光秋风寒，冬天过了总算春。”
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正本历来没有想过留下来的他，因为其时国表里的社会气氛，回国的主意被消除，但也不晓得找作业怎么找，从哪里初步。
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这时，校友张永峰打来了电话。他曾在中科大做过教师，经过杨振宁特别项目在石溪读了核算化学博士，结业后去了加州理工做了诺贝尔奖获得者rudolph a. marcus的博士后。
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他聘请周耀旗参加使用物理化学实验室（applied phys and chem lab，apcl），去从事量子化学方面的科研。
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去了之后周耀旗才晓得，这是一家3自个的草创公司，好在刚初步往常作业与周耀旗的博士研讨相差不大，随遇而安的他每天脚结壮地，动脑卖力，很快宣告了一篇量子化学方面的论文。
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但不久，公司发现搞科研没有“钱”途，转型变成盈利公司，专做环境维护查验。周耀旗也跟着换了岗位，做起了实验室信息体系打点、商场、推销、客户效能、事务打点，不久成了全部担任的实验室主任。
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他特别怀念一门心思做科研的日子，那种日子尽管也非常辛苦，但自个享受那个进程。
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“假定能做自个喜爱的科研，还能有口饭吃，岂不对错常好？”
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三十岁那年，周耀旗下定决计：回去做学问，赌一赌自个有没有做教授的命。
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周耀旗选了一个“簇新”的日子：1994年1月1日，他辞掉了自个的第一份作业，回到石溪，在两个博士导师那做起了博士后。
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在周耀旗看来，这不是走回头路，而是从头获得了一段沉溺自个的时刻。多年后，周耀旗这样描绘这段韶光，“我是三十才立志，才晓得自个该寻求啥。”
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他在博客中一字一句写下，“三十岁早年，我一向是趁波逐浪，没有自个的主见，别人替我做选择。之后的日子，我要自个做抉择，就算衣带渐宽，几经曲折，从此浪迹天边，也无怨无悔。”
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三换博士后导师、连投三年简历
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实际证明，周耀旗赌对了，但进程也极端曲折：他曾三换博士后导师，博士后第二年才拜入哈佛大学martin karplus教授门下。兜兜转转中，他也找到了倾其终身的作业——核算生物学。
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1994年头，周耀旗回到friedman和stell那里。只做了两个月，俄然两个导师被奉告，“科研经费马上要用完了，你要另找其他学校的博士后了。”
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周耀旗马上行为，在火伴和导师的协助下，海投了几十份请求信。其时周耀旗觉得，只需跟理论核算有关的教授，不管有没有宣告招聘广告，或许都是一线活力。
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但因错失最佳作业季，最终只需4人给了答复。别离为伯克利大学的教授david chandler、威斯康星大学麦迪逊分校新就任的助理教授arun yethiraj、mit化工系做计算力学的副教授jonathan harris、以及哈佛大学的教授martin karplus。
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前两位都因为经费缺乏而婉拒，karplus则奉告自个不在哈佛，第二年再联络。只需mit的jonathan harris给了周耀旗一个面试机缘，却在周耀旗做讲座时睡着了一会儿。仅有的面试也以失利告终。
与此一起，周耀旗也请求了多个助理教授的职位，均无回答。这一刻，周耀旗穷途末路了。
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走运的是，老板stell亲自出头，找到了他在北卡州立大学做正教授的前学生carol hall。
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在最终一刻，周耀旗经过师门联络，在师姐那儿续上了博士后。周耀旗去了之后才晓得，那并不是一个全职博士后，薪酬只需脱离公司时分的四分之一，连安康稳妥都没有。
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1994年的8月，周耀旗在北卡初步了第二段博士后作业。
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在hall组里，他初度脱离简略分子，初步了高分子的计算力学理论的核算。此外，他学会了此后对他协助严峻的方势阱液体仿照，为改日后用非接连动力学研讨生物大分子打下了核算基础。
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周耀旗查了查文献，把自个在北卡的简略高分子的作业往karplus核算生物方向靠，抉择把液体计算理论推广到生物高分子蛋白质上，研讨“不一样简略溶剂对蛋白质高分子平稳性的影响”。
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他用这个想象投了两个请求，一个nsf（美国国家科学基金会），一个nih（美国国立科学研讨院)。
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请求成果出来前，正本加州公司的张永峰又找到周耀旗，聘请他去新开的制药公司amphastar pharmaceuticals持续一同创业。但周耀旗此时现已下定决计，要将学术这条“不归路”走下去。
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因为博士后的请求一起需要将来博士后导师的举荐信，karplus给劲的举荐信，协助周耀旗一举拿下了上述的两笔经费。周耀旗也顺畅在1995年9月，正式初步了自个的第三个博士后。也正是从这一年，周耀旗初步了核算生物领域近三十年的研讨进程。
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由此周耀旗被火伴奉告，“往常是见不到karplus的。”但没想到，周耀旗刚进组，karplus常常问询他的发展，比前几个老板还盯得紧。
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周耀旗使用他的理论优势写了一篇《关于盐对蛋白质滴定和联系彼此作用的影响》的文章，karplus看后，鼓舞周耀旗持续做下去。
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这是来自karplus的初度必定，周耀旗天然非常注重，但他仍然抉择换个方向，改做核算机仿照，究竟karplus以蛋白质核算仿照成名的。
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在此之前，周耀旗也曾与师姐hall做过高分子理论研讨，究竟是在简略液体理论之外的初度测验。当与核算生物布景的karplus联手，周耀旗测验运用核算机做蛋白质简略模型的动力学仿照。
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他把hall那里学来的方势阱液体仿照的程序进行了改进，添加了鬼魂粒子，精确仿照出了单链均聚物在不一样温度下的热力学功能。这让周耀旗在分子动力学中的有了一个重要发现：单链在跨越32个单体后，就初步在低温下有单分子液体到固体的相变，而且是有能量大高低地接近一级相变的改变。
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周耀旗将其称之为“surface-molten solid——表面融化的固体”。直到如今，周耀旗仍然觉得这是生物高分子中一个重要的概念，“恰当于一个物质的两态在同一个体系里体现出来了”。
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karplus看到这个成果也很惊奇，两人合写了第一篇论文，宣告在了影响因子8+的physical review letters期刊（物理领域最顶级期刊）上。
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与此一起，周耀旗把这个一级相变，和相同是单分子链的蛋白质热力学功能联络起来，规划了一个新蛋白质模型，用来仿照蛋白质的可以相图。这项作业得出了“蛋白质单分子是表面融化的固体”这个结论，论文宣告在了影响因子11+的pnas期刊（世界四台甫刊之一）上。
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此时，周耀旗遽然发现，自个喜爱上了生物高分子中的物理疑问。他标明，“做理论物理学的人都喜爱用简略的概念看物理疑问，而生物高分子的疑问也是一个物理疑问。”
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他抱有一个主意，或许化学物理和生物有某种契合，会磕碰出新的发现。在与karplus的协作中，他愈发坚决走生物核算这条路。
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周耀旗也很直白地讲，核算生物领域要比化学物理更简略获得经费，化学物理只能请求美国国家科学基金会（nsf）的钱，比照少，许多研讨持续不了。
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在哈佛的作业平稳下来后，周耀旗遽然汗水来潮，想去造访一下近邻mit回绝过他的mit教授jonathan harris。当周耀旗在网上查找这位教授的近况时，他大吃一惊，这位教授竟然在有钱、有论文的情况下，没拿到终身教授的位子。1995年，在周耀旗到哈佛前夕，就完全脱离了学术界。
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想开始，周耀旗因被拒无法下去了北卡，过渡一年才去往了哈佛，究竟找到喜爱的方向。此时的他，颇有一种“因祸得福，焉知祸福”的感触。
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转眼到了1997年，三年多的博士后，周耀旗宣告了10多篇论文，方案凭仗这些作用找教职。
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但波折又一次降临。他接连投了三年简历，直到1999年，才凭仗一篇nature论文拿到布法罗大学的助理教授职位。
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“决不夸大地说，但凡传闻过的有方位的学校，我都请求过。每年寄求职信的邮资就几百块美元。”
在这时刻，周耀旗的第一个女儿出世，找到一份作业变得愈加火急，周耀旗初度感遭到，该养家糊口了。
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1998年，他抉择从非接连分子模型仿照蛋白的研讨中跳出来，主见向karplus老板要来了分子力学仿照蛋白质分子动力学方面的标题。
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接下来的一年时刻里，周耀旗一边投简历一边做科研，先后有三篇文章送审nature。但成果都是被拒，最终一篇是karplus亲自打电话给修改，指出审稿人自相敌对，才成功把文章救活。
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周耀旗坦言，“假定没有karplus的名声，这种起死回生的事是不可以能的。”
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这篇论文也对结束周耀旗的多年博士后生计起到了抉择性的作用。1999年9月底，周耀旗的这篇nature总算刊载，并在接下来获取的六个大学教职机缘里边，选择了建议经费最高的纽约州立大学布法罗分校，变成该校医学院生理和生物物理系的助理教授。
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回想在美国找教职的那些日子，周耀旗称，用一个字来描绘的话，就是“累”——看不到前景的累，没有期望的累。但熬过来之后，又觉得是一种训练，铭肌镂骨的磨，浴火重生的练。
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这时分的他，也带着新的人生了解，走入了新世纪。
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“很侥幸为alphafold递上接力棒”
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从周耀旗新世纪的研讨里，能看到他着力点的转向。在此之前，他博士时刻研讨的是凝集态物理和计算力学，博士后转向了核算生物学的分子动力学和蛋白质折叠。此时，在他独立做教授后，又将规划生物信息学作为了研讨主线。到了布法罗之后，周耀旗的精力分红了两股，一边做科研找经费、一边使用余下的时刻招聘博士后。
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为了第一笔经费，周耀旗付出了许多汗水，先从在mit化学系做助理教授的bruce tidor师兄那里要到了一份成功的请求样本，用三个月的时刻写作、完善细节，完稿后又处处寻求定见。
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他憋足了一口气，拼命作业，每天回到家就像瘫了相同。博士后时刻遭到的karplus一向抠细节，偏重数据重要性的练习，为写出一份上佳的请求书发扬了极高文用。系里的老教授和火伴，都对他的请求书作出了极高评价。
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可是，自从2000年6月提交请求后，直到第三个月才有了断果——没进前50%，连评分也没有。
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周耀旗一点心思预备也没有，这个成果对他就是一种晴天响雷。
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“反差太大了！我辛苦那么长时刻、业界兄弟的评语那么好，得到的却是最差的成果。”
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又经过了一个月的批改，周耀旗从头提交了批改版别，并转投了nsf。过了半年，请求书退了回来。这样来来回回一共退了两次，每次都是旧疑问处置了，新的审理人又有了其他定见。
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2003年，周耀旗完全绝望了，他不可以能打中一向在动的方针。
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与此一起，和周耀旗同期入职的三个火伴，都在两年内拿到了第一笔nih经费。系主任也多次提示，“假定还拿不到经费，你必定不能经过2005年的终身教授查核。”
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那两年里，周耀旗屡败屡战。但当他回到家与老婆聊起时，再也控制不住自个心境，初度当着老婆的面掉了眼泪。周耀旗感触身体本质显着降低，拿不到经费成了他心中的郁结。好在老婆一向撑持他，周耀旗总算理解，拿经费和终身教授教职是一场耐久战，心急不得。
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总算，在多个项目一起不断的请求中，2003年的2月，周耀旗凭仗“根据规划的蛋白质折叠机制猜测”，拿到了在布法罗的第一笔75万美金的nih经费。
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周耀旗总结，这次的成功是他连续了之前的nature研讨，做出了把简略蛋白质模型打开满足原子模型的立异。他也总算看清了，?nih和nsf对贝类血红蛋白体系没有快乐喜爱，才是第一个请求失利的根柢缘由。
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只过了一个月，周耀旗凭仗“计算势函数的打开和使用”又拿下第二笔60万美金的nih经费。系主任马上抉择建议并在2004年提前经过了他的终身副教授审阅。
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周耀旗理解，用自个的数理常识去冲击新方向，更简略发生新火花。
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这也反映在他招聘博士后时，非常喜爱招一些稀有理基础的其他科研布景的人。
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2000年进组的博士后周宏毅，2004年入组的以色列博士后ofer dor，就是因而结缘。他们别离为高能核物理和核算科学布景。周耀旗在与他们的协作中，常常磕碰出新的思路。
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其间一个让周耀旗形象深化的作用，是他与周宏毅打开出一个根据模板的蛋白质规划猜测办法–sparks和sp3，并一举拿下2004年casp（世界蛋白质规划猜测竞赛）根据模板猜测的第一名。
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这次成功给了周耀旗极大煽动，在和dor的不断改进中，运用机器学习办法猜测的主链二级规划抵达了80%的精确度（其时最高）。
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在周耀旗看来，或许他可以冲击一个更难的疑问：绕过大概的三态二级规划，直接猜测接连的二面角（psi角）。
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这是规划生物信息学领域一个长时刻存在的疑问，学术上既定的习气是避开直接猜测接连的视点。
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周耀旗也吃了瘪，因为无法处置好视点的周期性疑问，致使猜测出来的过失失大。
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多次受阻下，2006年，ofer回到了以色列创业，周宏毅结束博士后去georgia tech做专职研讨员，周耀旗也脱离了布法罗，以正教授的身份在印第安纳大学初步了第二段教职。
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2007年，周耀旗和薛斌初度运用神经网络猜测蛋白质主链真实二面角，一起猜测psi和phi，然后可以直接构建主链规划。在其时，这是世界上第一个一起猜测psi和phi真实接连视点的办法，但过失仍是比照大（psi的过失38°），只是宣告在影响因子3支配的《蛋白质》期刊。
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后来，杨跃东（现为中山大学核算机学院教授、国家超算广州中心副总工程师）、eshel faraggi、詹剑（现深圳湾实验室研讨员）等人进组，经过团队不断地改进，2009年，他们成功将psi的视点过失降到了33°。
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2011年，周耀旗和团队又有了严峻发现：经过猜测真实视点来树立、捆绑、和能量优化主链规划，完全不需要用蛋白质的已知规划，或许已知规划碎片来作为模块。
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周耀旗和团队欢欣，他们多年来的作业，为蛋白质规划猜测和重建，拓荒了一条新路。经过不断地改进，他们不只证明晰接连分布的二面角可以精确猜测，而且经过二面角可以直接构建精确的蛋白质规划、然后为若干年后的第一个端到端深度学习的猜测办法，搭好了断构。
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一场由alphafold掀起的改造性打破，也在此时落下了年代的注脚。
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2013年，带着这些作用，周耀旗以正教授身份被引入澳大利亚格里菲斯大学，初步一起进行核算和实验的研讨。
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他们将视点的直接猜测，改成先猜测sin和cos，再经过核算arctan来得到真实视点，然后避开了视点的周期性。
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有了这个思路，周耀旗和paliwal又用了五年时刻，一点一点将psi角的过失从33°降到30°、27°、究竟降到23°，phi的过失降到了16°。
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2021年，周耀旗总算说出，“咱们的二级规划的猜测接近了理论的极限，精确度抵达86%。”
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同年，哈佛大学的mohammed alquraishi研讨员将周耀旗的无规划碎片规划猜测的办法，悉数搬到深度学习的神经网络内，然后避开了没有好的能量函数的这个难点。
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周耀旗现已意料到，这个端到端的、从主链二面角到蛋白质三级规划的练习和猜测东西，将变成蛋白质规划猜测中的一个重要的转机点。
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但他没想到的是，这场生物信息学的改造来得如此之快。
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2021年末，一个名为“alphafold 2”的ai东西席卷整个产学研领域。尤为留心的是，alphafold 2中的深度学习办法，显着遭到了alquraishi进行端到端规划猜测的启示，并立异为端到端的“支链二面角猜测–主链规划构建–规划过失反应”的思路。
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一个要害是，在第一步中，alphafold2也选用了周耀旗曾运用的避开视点周期法。
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周耀旗初度离科学改造如此之近。二十年来，他俄然觉得，蛋白质的二面角猜测，有了一种“被重视到”的感触。
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他说，“处置一个科研难题像是一场长间隔跑接力赛，尽管不是最终一个抵达结束的，但能变成投递接力棒中的一员，也是一种无上的夸姣。”
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从世纪初到2021年，周耀旗二十年饮冰，终是窥见天光。
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58岁回国，一场跨过36年的异国旅程
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那悉数发生在周耀旗58岁之前。2021年3月，周耀旗做了一个斗胆的抉择，全职回国。
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三十六年里，他也不止一次地想要回来，直到他入职澳洲后，回国的机缘才变得多了。
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2013年，周耀旗来到老婆的故乡山东，接连六年兼职担任德州学院物理与电子学院的海外特聘教授。正是在这段时刻里，他看到了国内的生物技能的高速打开，以及生物学新药在临床上的严峻打破。他毫不犹疑地说出，这是一个生物科技制药的年代。
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此后多年，周耀旗一向寻找一个最适合的回国机缘。总算，2021年3月，深圳湾实验室的常务副主任吴云东院士，聘请他入职了体系与物理生物学研讨所。
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偶尔的是，在上世纪80年代，吴云东是比周耀旗更早批参加到中美协作化学研讨生项目（cgp）。
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他长周耀旗六岁，同是江苏子弟。在学术上，吴云东坚持着“不退休”的思维，他看中了周耀旗还在不断上升打开的趋势，聘请周耀旗回国内，“再干几十年”。
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回国后周耀旗初步快速招聘研讨助理、博士后、助理研讨员、副研讨员。团队成员从2021年7月的11自个扩展到25自个，其间不乏生物、物理、化学、人工智能核算和软硬件等多学科布景的研讨人员和工程师，如今还在持续寻找各方面的优良人才。
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一是基础研讨，连续周耀旗在蛋白质/rna规划猜测上多年耕耘的特长，期望经过核算和高通量实验的联系，在alphafold的作用上更上一步；
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二是使用研讨，使用ai、深度学习对生物、医疗大数据进行发掘，期望方案出关于病毒和癌症的小分子药、生物药、纳米抗体，加速新药的发现和使用；
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三是自创研发，当前正在方案制造新一代的免疫印迹成像仪和主动进化仪，方针是跨越世界顶尖水平。
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周耀旗称，“这是解甲归田，做一些能落地的作业。”
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上一年中秋，是周耀旗曩昔36年在国内过的第一个团圆节、他发了一个兄弟圈，慨叹国内科研环境活力勃勃，“每开一次会，出一次差，吃一次饭，微信兄弟都长一圈。”
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周耀旗愈发觉得，“回国的意图是圆梦，圆一个把作业做大的梦。”
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此外，让他振奋的是，回国的日子要比愿望中更简略习气。开始自个还为了国内的蹲厕习气提前操练了半年，回来才发现，国内的医、食、住、行各方面很便当。周耀旗的学生们常常看到，教师总会背着双肩包，骑着一辆自行车上下班，像是一个刚结业的同龄人。
周耀旗总算结束了一个愿望，老婆在他回国多半年后也回来久居了。他笑着讲，“究竟筑巢才干引凤，安居会更乐业。”
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这些年里，因为他的作业集结，老婆和两个女儿也常常换作业和学校，从美国转战各地再跟从到澳洲。和周耀旗相同的是，这种波动非但没有让她们觉得不习气，反而让她们也在不一样的环境里，看到了不一样的世界，堆积出不一样的人生。
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老婆扔掉了汇丰美国总部作业，从头考取教育硕士，改行中文教师，找到了自个最酷爱的汉语教育作业。两个女儿则别离去了哈佛和mit，一个变成了父亲的校友，一个圆了父亲的mit梦。
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回头看，假定不是32岁，转行去做了生物核算，或许周耀旗还在研讨液体计算理论。
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假定不是30岁，下定决计堂兄弟的创业公司搬出来，或许周耀旗每天仍是“稀里迷糊做一些重复性的东西”。
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假定不是21岁，大学最终一年被系里拉去“充壮丁”考出国研讨生，或许周耀旗终身都在研讨化学物理。
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在周耀旗的博客里，他几乎把过往四十年的阅历都写了出来，也常常在落笔后，回想“当年假定没做那个抉择，成果会不会又有点纷歧样？”
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三十多年的年月里，周耀旗的抑扬曲折，总与生物信息学的跌宕高低交错在一同。
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正如在浪潮中，总会呈现出一批前仆后继的专家。如，李明、潘毅、徐鹰、许东，他们8十年代肄业海外，见证了生物信息学的从无到有，变成最早扛起学术大旗的一群人。
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新世纪前后，又有许锦波、韩敬东、彭健、唐建等一批核算、医药、ai布景的晚辈，接过老一辈的接力棒，沿承着学科条理。
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三十载里，他们见证了生物信息学的大火、无视、改造，坐过冷板凳、也站过聚光灯，但不管如何，他们推进了一个生物科技年代的到来。
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这是他们人生中的三十年，也是一个年代和学科的三十年。
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作者注：
1993年，我国参加人类基因组方案，生物信息学科迎来大迸发。
在近三十年的时刻里，一大批生物、化学、物理、核算等专业的专家，前仆后继参加到学科的产研缔造，那是一个构思迸发、友谊绵长的年代，也是一个走出质疑、苍茫的年代。
当前，雷峰网建议《生物信息学的三十年往事》专题，将接连推出徐鹰、潘毅、周耀旗、许东、唐建等新老专家的人物故事，记载光辉年月，以照后人之路。
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